江西省早期的海关业务一直由九江海关办理。早在1862年，九江口岸就设有海关，后因各种原因几经变迁。1980年4月，九江海关经国务院批准设立，并正式对外办理业务。1988年12月1日，南昌海关正式设立，当时的办公地点设在南昌市二七北路15号。1990年4月29日，南昌海关迁至南昌市将军渡62号(现改为抚河中路209号)办公。2008年9月26日，南昌海关新业务综合楼投入使用，南昌海关迁入现址(沿江中大道100号)办公。